Nakon dvije oslobađajuće presude Kantonalnog suda u Bihaću, ni Vrhovni sud F BiH, nije mu mogao utvrditi krivicu za ubistvo jednog pripadnika tzv. VRS, ali mu je zato nametnuo krivicu za komandnu odgovornost.
Četvrti put, stigla je presuda o njegovoj krivici i zatvorskoj kazni na 4 godine i to, slučajno ili ne, na dan pogibije komandanta Izeta Nanića i Isakovićeva dva brata Ise i Sulje,i njihovog dajdže Mehe. Danas se Safet Isaković sam javio na portirnicu zatvora na Lukama.
Onima koji su ga ispratili, s rukom na srcu je kazao: „Sve će ovo jednom biti juče“.