Iz RS-a stigle su poruke protiv ideje vraćanja zastave Republike Bosne i Hercegovine u zvaničnu upotrebu kao državnog simbola BiH.
Iz tog entiteta navode da je ta zastava za srpski narod povezana s ratnim stradanjima tokom devedesetih godina prošlog stoljeća te da bi njeno eventualno ponovno uvođenje izazvalo dodatne podjele u društvu.
Prema njihovim navodima, pod tom zastavom počinjena ubistva srpskih civila i boraca, zbog čega se njen povratak smatra neprihvatljivim.
Ovakvi stavovi izneseni su nakon što je historičar Enver Imamović ponovo govorio o simbolici i historijskom značaju zastave s ljiljanima.
Imamović je ranije izjavio da je zastava sa ljiljanima imala snažno simboličko značenje za dio građana Bosne i Hercegovine, te da smatra kako je današnja državna zastava rezultat političkog kompromisa. Naglasio je da trenutna zastava, iako poštovana kao zvanični simbol države, kod dijela javnosti ne izaziva isti emotivni odnos.
S druge strane, Isidora Graorac, predsjednica Republičke organizacije porodica zarobljenih, poginulih boraca i nestalih civila, izjavila je da ideju o vraćanju zastave Republike Bosne i Hercegovine smatra neprihvatljivom. Prema njenim riječima, ova zastava kod mnogih porodica koje su pretrpjele gubitke izaziva nelagodu i podsjećaju na traumatična iskustva iz proteklog rata. Dodala je da bi ponovno otvaranje pitanja državnih simbola moglo dodatno opteretiti međunacionalne odnose u Bosni i Hercegovini.
Sličan stav iznijela je i Milena Mihaljević, viša stručna saradnica za memorijalizaciju, kulturu i politiku pamćenja u Republičkom centru za istraživanje rata, ratnih zločina i traženje nestalih lica. Ona je ocijenila da inicijative za vraćanje zastave podsjećaju na političke i simboličke procese s početka devedesetih godina, kada su, prema njenom tumačenju, historijski simboli dobili novu političku dimenziju.
Govoreći o simbolici ljiljana, Mihaljević je navela da je tokom rata taj simbol dobio snažno političko i vojno značenje, zbog čega ga danas različite zajednice u Bosni i Hercegovini doživljavaju na različite načine. Smatra da se, bez obzira na njegovo srednjovjekovno porijeklo, ljiljan u savremenom kontekstu često veže za ratni period, što dodatno otežava njegovo prihvatanje kao općeg državnog simbola.
Podsjećanja radi, zastava Republike Bosne i Hercegovine sa šest zlatnih ljiljana bila je zvanična državna zastava međunarodno priznate Republike BiH. Bosna i Hercegovina primljena je u članstvo Ujedinjenih nacija 22. maja 1992. godine, a u tom periodu upravo je ta zastava korištena kao njen međunarodno prepoznat simbol.