Karijera glumca i voditelja naglo je zaustavljena 2021. godine, nakon optužbi da se neprimjereno ponašao na snimanjima serija Doctor Who i njenog spin-offa Torchwood, u kojima je tumačio lik kapetana Jacka Harknessa.
Barrowman je ispričao da je u jednom trenutku odvezao automobil u pustinju u američkoj saveznoj državi Colorado, s namjerom da sebi oduzme život. Kako je naveo, dok je sjedio sam u automobilu i razmišljao o izlazu iz bezizlazne situacije, poruka jednog obožavatelja, koji ga je zamolio da snimi personalizirani video putem platforme Cameo, natjerala ga je da preispita svoju odluku i vrati se kući u Palm Springs. Ipak, priznao je da su se suicidalne misli vraćale te da je više puta ponavljao slične pokušaje, o čemu nikome nije govorio.
U intervjuima koje je dao britanskim medijima opisao je stanje potpune beznađa, navodeći da se u takvim trenucima čovjek fokusira isključivo na vlastitu bol i gubi sposobnost da vidi širu sliku ili podršku u okruženju. Posebno je istakao da mu je osjećaj odbačenosti dodatno pogoršao činjenicu da mu se BBC, prema njegovim riječima, nikada direktno nije obratio kako bi čuo njegovu stranu priče, već je saradnja jednostavno prekinuta.
Optužbe koje su se pojavile odnosile su se na navodno neprimjereno izlaganje intimnih dijelova tijela na setu, što je Barrowman ranije opisivao kao dio neozbiljnog i šaljivog ponašanja među kolegama. U svojim memoarima Anything Goes naveo je da su takve situacije bile shvaćene kao šala, ali je kasnije priznao da je njegovo ponašanje bilo nepromišljeno te da je zbog toga potražio stručnu pomoć i prošao terapiju.
Četiri godine nakon izbijanja skandala, Barrowman navodi da se njegova karijera polako oporavlja. U proteklom periodu pojavio se u televizijskom formatu Celebrity SAS: Who Dares Wins, a ostvario je i uspjeh na pozorišnoj sceni. Prošle godine nastupio je u predstavi Laid Bare, dok se ove godine vraća publici s novim projektom Camp as Christmas, koji bilježi veliku popularnost. Glumac ističe da danas pokušava gledati naprijed, svjestan grešaka iz prošlosti, ali fokusiran na oporavak i novi profesionalni početak.