Ujutro 16. aprila 1993. godine zvuk ezana iznad Ahmića bio je znak za bojovnike HVO-a da započnu akciju “48 sati pepela i dima” i napad na selo u kojem je ubijeno 116 Bošnjaka, najmlađa žrtva je bila tromjesečna beba, a najstarija 82-godišnja starica.
Tog 16. aprila 1993. godine pripadnici jedinica HVO-a Džokeri i Maturice napali su Ahmiće nakon ezana za sabah-namaz. Među ubijenima je bilo jedanaestero djece i 32 žene.
Međunarodni krivični sud za bivšu Jugoslaviju je osudio Darija Kordića na 25 godina zatvora zbog zločina počinjenih u Srednjoj Bosni koji uključuju i Ahmiće, te Miroslava Bralu na 20 godina, dok je Vladimir Šantić osuđen na 18, a Drago Josipović na 12 godina zatvora.
Sud Bosne i Hercegovine je zbog zločina u Ahmićima osudio Paška Ljubičića na 10 godina zatvora.
Adnan Zec je tada kao 13-godišnji dječak gledao kako pripadnici HVO-a ubijaju njegovu cijelu porodicu, a sam je preživio rafal s leđa. On je 2024. godine za Klix.ba opisao zločin.
“Ujutro u pet sati roditelji su nas probudili i rekli da ustanemo i izlazimo vani. Skočili smo iz sna, istrčali u hodnik, čuli smo detonacije, kao da je bio zemljotres, pucalo se na sve strane. U jednom trenutku se kuća zapalila, ali roditelji su uspjeli ugasiti vatru pa smo sišli u hodnik i sakrili se ispod stepeništa. Nismo znali šta se dešava. U jednom momentu roditelji su rekli da moramo napustiti kuću od straha da se ponovo ne zapali. Istrčali smo i krenuli jedno za drugom do prve bošnjačke kuće kako bismo saznali šta se dešava”, govori Zec.
U bijegu od rafala, detonacija i čega sve ne, izgubio je roditelje iz vida, dok je trčao ka kući komšije Zijada gdje su mu rukom pokazivali otac i majka.
“Roditelje sam u jednom trenutku izgubio iz vida, pa sam ih ponovo vidio, tada su mi pokazali da trčim prema kući Zijada. Nakon 50 metara začuo sam rafal, komšija Zahir je bio ubijen, a iznad njega je bio vojnik HVO-a koji me pitao ‘Gdje ćeš mali?’, ja sam odgovorio da bježim jer puca i on mi je odmahnuo. Prošao sam nekih 40 metara gdje su bila trojica drugih vojnika HVO i isto su me pitali i rekli da se vratim nazad”, govori Zec te nastavlja:
“Čim sam se okrenuo, rafal je ispaljen u mene. Dva metka su me pogodila u noge, nisam ih osjetio više. Pao sam kao pokošen. Roditelji su 15-ak metara bili od mene, otac je molio da njega ubiju, da puste majku sa djecom, ali su naredili tri puta “Pucaj, ubij, ubij”. Dva rafala i moji su bili ubijeni.”
Osam dana je ležao u jednoj kući gdje je uspio dopuzati i sakriti se. Istakao je da je gledao kako se ubija identitet Bošnjaka i postojanja onih koji su tu živjeli.
Brojna su svjedočanstva ostala o svireposti zločinaca iz HVO-a prilikom činjenja zločina. U selu je živio hadžija Hazim Ahmić. Svojevremeno je svojim susjedima Hrvatima poklonio 2.000 m2 zemljišta za izgradnju katoličkog groblja Topola u Ahmićima, a za izgradnju crkve u Donjoj Dubravici poklonio je 20.000 maraka.
Hazim Ahmić je u Ahmićima izgradio prelijepu džamiju. Zločinci su starog Hazima razapeli na prozore te džamije, a zatim su džamiju zajedno s njim minirali.
Zločin u Ahmićima je ostao zapamćen kao jedan od najsvirepijih i najbolje dokumentovanih zločina iz agresije na Bosnu i Hercegovinu, a slika srušene džamije je postala jednom od simbola pokušaja da se unište Bošnjaci i njihovo kulturno-historijsko naslijeđe.